Após ficarem em último lugar nas Regionais, perdendo para o Vocal Adrenaline, e a transferência de Matt para outra escola, os alunos voltam à escola ainda mais perdedores aos olhos dos outros estudantes.
Para movimentar a trama temos o namoro conturbado de Finn e Rachel, a separação de Tina e Artie, formando um novo casal que seria Tina e Mike, a volta de Quinn como líder de torcida, a prisão de Puck, o bullying contra Kurt, entre outras situações. Além do mais, temos a participação de novos personagens, como a nova treinadora de futebol Beiste, o novo aluno Sam Evans, que só após algum tempo resolve entrar no Glee, Sunshine uma aluna de intercâmbio que faz uma audição para entrar no Glee, porém acaba sendo transferida e vai para o Vocal Adrenaline, tudo por causa de Rachel. Ainda há Blaine, um novo personagem homossexual que pertence a um coral rival, mas que mantém uma certa amizade com Kurt.