Após uma luta em que todos os sobreviventes foram mortos ou capturados, Alice (Milla Jovovich) é capturada pela Umbrella e descobrirá que a empresa farmacêutica anda implantando memórias em clones seus e de seus amigos para experiências virais, e que todos os dias morrem muitos clones por causa da infecção viral. Sendo assim, ela decide combater essa barbaridade, e logo se encontra com Ada Wong (Li Bingbing) e Albert Wesker (Shawn Roberts) que explica tudo o que houve e o fato de ter deixado a Umbrella, então, juntos, tentam impedir que a raça humana entre em extinção. Mas para o grupo sair com vida do local, terão que passar pela chefe de segurança Jill Valentine (Sienna Guillory), que passou por uma lavagem cerebral e que agora trabalha para a Umbrella, e a clone de Rain Ocampo (Michelle Rodriguez), morta no primeiro filme da franquia e cujos clones andam sendo fabricados para experiências, e um destes clones também trabalha para a Umbrella e é uma forte e poderosa inimiga para o grupo. Agora cabe a eles lutarem pela sobrevivência!