'Ninja Assassino' mostra a história de Raizo (Rain), um dos assassinos mais mortais do mundo. Tirado das ruas ainda criança, ele se transforma em um matador treinado pelo Clã Ozunu, uma sociedade secreta cuja existência é considerada um mito. Mas assombrado pela lembrança da execução de seu amigo pelo Clã, Raizo se revolta e... desaparece. Agora, ele espera, preparando para executar sua vingança.
Em Berlim, a agente da Europol Mika Coretti (Naomie Harris) encontra por acaso uma trilha de dinheiro ligando diversos assassinatos de políticos a uma rede do submundo de caçadores de recompensa do Oriente. Contrariando as ordens de seu superior, Ryan Maslow (Ben Miles), Mika descobre em arquivos da agência secreta a verdade por trás dos assassinatos. Sua investigação faz com que ela se torne um alvo, e o Clã Ozunu envia um time de matadores, liderado pelo letal Takeshi (Rick Yune), para silenciá-la para sempre. Raizo salva Mika dos inimigos, mas ele sabe que o clã não descansará até que ambos sejam eliminados. Agora, envolvidos em um jogo mortal de gato e rato pelas ruas da Europa, Raizo e Mika precisam confiar um no outro se quiserem sobreviver... e finalmente desmantelar o evasivo Clã Ozunu.