Três anos se passaram desde que Jack Bauer, o agente da CTU, conseguiu frustrar uma tentativa terrorista de envolver os EUA em uma terrível guerra. Agora ele está de volta a Los Angeles após ter trabalhado disfarçado por seis meses para conseguir prender o chefão das drogas Ramon Salazar.
Mas o FBI recebe uma ameaça por telefone de que um vírus letal será solto em Los Angeles, se Salazar não for liberado da prisão nas próximas seis horas. Enquanto a CTU age rapidamente tentando localizar o vírus, Jack percebe que a única forma de evitar outras ameaças dos terroristas é descobrir a fonte do vírus, e para tal decide ele mesmo ajudar Salazar a fugir da prisão.